ПРИМЕНЕНИЕ МЕТОДА МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ МИКРОБНЫХ МАРКЕРОВ В КЛИНИЧЕСКОЙ ПРАКТИКЕ

Применение масс-спектрометрии микробных маркеров (МСММ) для изучения микроэкологии человека дает качественно новый вариант микробиологического исследования благодаря возможности одновременного количественного определения более сотни микробных маркеров непосредственно в биологических пробах без предварительного культивирования микроорганизмов и использования биохимических тестовых материалов и генетических праймеров. Получение в реальном времени расширенной информации об анаэробах и трудно культивируемых аэробах, а также актинобактериях, вирусах, дрожжах и микроскопических грибах из одной пробы обеспечивает полное понимание микробной этиологии заболевания. Количественные измерения методом МСММ позволяют изучать динамику изменения микробиоты при лечебных мероприятиях, в том числе — влияние антибиотиков и пробиотиков на пристеночную микробиоту кишечника.
 
Ключевые слова: масс-спектрометрия, микробные маркеры, микроэкология, микробиота, микроорганизмы, микроэкологический статус, инфекция
 
Введение
С современных позиций, нормальную микробиоту человека рассматривают как совокупность микробных сообществ локусов, характеризующихся определенным составом и колонизирующих кожу и слизистые оболочки. Нормальная микробиота — тот первичный неспецифический барьер, лишь после прорыва которого инициируется включение всех последующих неспецифических и специфических факторов защиты макроорганизма. На рубеже XXI века сформировалось представление о микрофлоре организма человека как о еще одном органе, покрывающим в виде чулка кишечную стенку, слизистые оболочки и кожу человека. Оставаясь невидимым, этот «орган» весит около двух килограммов и насчитывает порядка 10¹⁴ клеток (сто биллионов) клеток микроорганизмов. Это число в десять раз превышает число собственных клеток человека. Микробиота выступает как чуткий индикатор физиологического состояния организма человека в зависимости от воздействия на него различных факторов.
На сегодня нет точного описания архитектуры микробного сообщества пристеночного слоя кишечника. Но известны данные, согласно которым микроорганизмы, в количестве 10¹¹ клеток/см³ [9] распределены в пристеночном слое муцина [3, 20], прочного геля, состоящего из пептидогликана, продуцируемого бокаловидными клетками эпителия кишечной слизистой оболочки. Он близок по химической природе полисахаридной защитной капсуле, которой окружают себя многие микробы. Такая среда выглядит пригодной для существования микроорганизмов в тонких слоях муциновой слизи в виде равномерно распределенных клеток на достаточно близком расстоянии (порядка размера микробной клетки) друг от друга. Такое расположение должно обеспечивать контакт с диффундирующим в муцин химусом и клетками между собой для быстрого обмена продуктами метаболизма. Специальные исследования показали, что в биопленке по иному, в сравнении с чистыми культурами бактерий, происходят их многочисленные физиологические процессы, в том числе продукция метаболитов и биологически активных веществ. Сообщество организует единую генетическую систему в виде плазмид — кольцевых ДНК, несущих поведенческий код для членов биопленки, определяющих их пищевые (трофические), энергетические и другие связи между собой и внешним миром. Последнее получило специальное определение как социальное поведение (quorum sensing) микроорганизмов. Реакция микроорганизмов на изменение условий окружающей среды в биопленке существенно отличается от реакции каждого отдельного вида в монокультуре. Такая организация обеспечивает ее физиологическую и функциональную стабильность и, следовательно, является залогом конкурентного выживания в экологической нише. В организме человека специфическое преимущество такой организации заключается в обеспечении гомеостаза органов, функциональность которых зависит от населяющих их микробов.
Не лишено смысла рассматривать микробное соообщество любых слизистых оболочек в определенной мере подобной кишечнику организованной биопленке. Поводом к тому является стабильность состава каждого из этих микробиоценозов: гомеостаз микробных маркеров имеет место не только в крови [1, 15], но и в вагинальном содержимом женщин и эякуляте мужчин [4].
Микроэкологический статус человека, точнее, поддержание его гомеостаза, является необходимым условием стабильного функционирования всех его органов и систем. Соответственно, одним из первых мероприятий по обеспечению качества и продолжительности жизни, а тем более в лечении любых заболеваний, особенно клинических отделениях реабилитации и интенсивной терапии, должен быть контроль и восстановление микробиоценоза, если он оказался нарушенным. В этом можно найти сходство во мнениях в современных публикациях [5, 8, 12, 27]. Микробиота человека сконцентрирована в основном в кишечнике. Сведения о природе микробиоценоза кишечника, накопленные к настоящему времени, выглядят достаточными для понимания его функционирования, как физиологически активного органа человека. Однако для их реализации в управлении этим органом при патологиях, причинно-следственным образом связанных с дисбиозом, недостает количественного метода определения изменений в составе достаточно широкого круга ключевых микроорганизмов и их мониторинга в процессе коррекции. Причем желательно анализировать состав пристеночной кишечной микробиоты, а не микробиоты фекалий, как это принято повсеместно. Именно в мукозном слое, облегающем слизистую оболочку кишечника, происходит усвоение пищевого химуса, поступающего из желудка, синтез микроорганизмами большого числа биологически активных веществ: ферментов, витаминов, иммуностимуляторов, но также и токсичных для человека веществ. Предполагается, что отсутствие баланса в их продукции связано с патологическими проявлениями самого разного характера: кишечными расстройствами, кожными заболеваниями, половой дисфункцией и сердечной недостаточностью.
Материал и методы исследования
Контроль микроэкологического статуса человека сейчас уже является проблемой практического здравоохранения. Следует признать, что классические бактериологические методы затруднительно использовать для ее эффективного решения. Контролировать состав пристеночной микробиоты кишечника и других органов оказалось возможным с помощью метода газовой хроматографии в сочетании с масс-спектрометрией (ГХ-МС) по содержащимся в их клеточной стенке длинноцепочечным жирным кислотам и жирным альдегидам фосфолипидов. Известно, что состав жирных кислот микроорганизмов видоспецифичен и используется для их идентификации в чистой культуре [18]. Кроме того, у многих микробов имеются индивидуальные маркеры специфичные для таксонов разного уровня (семейства, рода или вида), по которым их можно определять количественно в объектах окружающей среды и клинических пробах [9]. Существо анализа состоит в прямом извлечении с помощью химической процедуры высших жирных кислот из образца, подлежащего исследованию (например, биоптата кишечной стенки или крови), их разделения на хроматографе в капиллярной колонке высокого разрешения и анализа состава в динамическом режиме на масс-спектрометре. На основании этих измерений расшифрован состав микробиоты пристеночного мукозного слоя этих отделов кишечника, а также фекалий [3]. Данные по фекалиям оказались в полном количественном соответствии с литературными, что послужило основанием для верификации метода ГХ-МС в применении к другим объектам исследования, но сразу по всем микроорганизмам в одном анализе и с большой точностью по сравнению с культуральным и, пожалуй, генетическим (FISH) методами [9].
Одновременное исследование крови тех же пациентов, а также доноров показало соответствие состава минорных ЖК, альдегидов и стеролов в биоптатах тонкой кишке и в крови.
Метод около пятнадцати лет проходил апробацию в медицинских учреждениях Москвы. В 2010 г. Росздравнадзором разрешено его применение в качестве новой медицинской технологии «Оценки микроэкологического статуса человека методом хромато-масс-спектрометрии» на территории Российской Федерации (Разрешение ФС 2010/038 от 24.02.2010).
Результаты и их анализ
Обнаруженный в результате систематических исследований гомеостаз микробных маркеров в крови [1, 15] и адекватность его профиля составу кишечной микробиоты здорового человека обеспечил уникальную возможность мониторировать состояние микробиоты кишечника неинвазивным экспрессным методом-по анализу крови.
Микробная этиология заболеваний кожи и многих внутренних органов уже изучалась в процессе клинической апробации метода МСММ, которые позволили не только получить дополнительные сведения об агентах инфекции, но и получить подтверждение о транслокации микроорганизмов кишечника в очаг воспаления.
Наблюдение за микробиотой тонкого кишечника при таких кожных заболеваниях как себорея, акне и атопический дерматит дает подтверждение о нозологической специфичности дисбактериоза кишечника. Так у больных себорейным дерматитом при дефиците Lactobacillus и Propionibacterium в кишечнике высока концентрация маркеров клостридий группы C.ramosum и видов Eubacterium (рис. 1). При угревой болезни (акне) наблюдается дефицит Lactobacillus при избыточном росте клостридий группы C.ramosum, Bifidobacterium, вирусов Herpes и других микроорганизмов. При атопическом дерматите в кишечнике регулярно обнаруживается дефицит Bifidobacterium при избыточном росте видов Eubacterium, Propinibacterium freudenreichii, Nocardia и других микроорганизмов.
Метод масс-спектрометрии микробных маркеров, благодаря своей экспрессности и информативности, позволил получить экспериментальные данные, подтверждающие связь ряда заболеваний с изменением микроэкологического статуса организма. Эти данные согласуются с известными данными о связи микробиоты кишечника с кожными заболеваниями [14]. Более того, они позволяют узнать существо изменений микробиоты, причем, именно тонкого кишечника, а не фекалий, как это делалось в предыдущих исследованиях. Для практического врача это означает возможность усовершенствования тактики лечения больных за счет выбора этиотропных антибиотиков для подавления избыточного роста (инфекции) части микробиоты и стимулирования размножения дефицитной группы микробов.
При синдроме раздраженного кишечника наблюдается тотальный дефицит кишечной микробиоты до семикратного снижения общей численности микроорганизмов преимущественно за счет уменьшения численности Lactobacillus, Bifidobacterium и Propinibacterium freudenreichii при избыточном росте Eubacterium и Streptococcus [3]. Кроме того, растет численность анаэробов Bacteroides fragilis, Porphyromonas, Propinobacterium acnes, при периодическом избытке Enterobacteriacae, клостридий группы C. ramosum и Eggertella lenta, а также Campylobacter mucosalis, Enterococcus, Pseudomonas, Acinetobacter, Bacillus, Streptococcus. До лечения у пациента обнаружен избыток C. ramosum, Streptococcus, Nocardia и Actinomyces viscosus при существенном недостатке основных микроорганизмов нормальной микробиоты кишечника — Lactobacillus, Bifidobacterium, Eubacterium и Propionibacterium (Рис. 2).

После лечения с применением жидких пробиотиков типа нормофлоринов или биовестинов микроэкологический статус в основном нормализовался, за исключением того, что Lactobacillus не достигли нормы, а численность Eubacterium перешла в избыток. При восстановлении нарушенного микроэкологического статуса оказалось полезным применение иммуномодуляторов (гепон, имуномакс), висмутовых препаратов типа денола а также метронидазола, который, как оказалось, кроме подавления внедренных в слизистую оболочку бактероидов стимулирует рост всех микроорганизмов нормальной микробиоты кишечника. В ходе исследования мочи при пиелонефрите было показано, что в моче доминируют маркеры анаэробов Propionibacterium freudenreichii, клостридий Clostridium hystolyticum, C. ramosum и С. propionicum, специфичных для кишечника, и значительно повышена концентрация маркеров Alcaligenes, Pseudomonas aeruginosa и Moraxella. Уровень клини ческой значимости превышают маркеры Rhodococcus, Pseudonocardia и других актинобактерий, а также Fusobacterium, Bacillus, Eggertella lenta, Helicobacter pylori, Clostridium perfringens, Prevotella и дрожжей Candida. На рис. 3 показан результат реконструкции состава микроорганизмов по микробным маркерам в моче девочки, 11 лет, больной пиелонефритом.
Многочисленные анализы инфекции и дисбиозов методом МСММ при вагинитах выявили ряд типичных случаев:

1. Гонококковый вагинит. В вагинальном секрете и соскобах присутствуют маркеры Neisseriaи сопутствующей в таких случаях анаэробной микрофлоры (Peptostreptococcus, Bacteroides, Fusobacterium, Prevotella, Selenomonas). В то же время занижено содержание Lactobacillus, Bifidobacterium, некоторых Clostridium, Ruminicoccus, Actinomyces, части Eubacterium и других микроорганизмов нормофлоры — вагинальный дисбактериоз.
2. Синергизм актинобактерий и кокков. Превалируют аэробные актиномицеты (Streptomyces, Nocardiaи др.) со Streptococcus, Bifidobacterium и Ruminicoccus.

В числе кокков — Rhodococcus equi, который рассматривают как внутриклеточный условный патоген (аналог гонококка, но менее вирулентный — обычно встречается у мужчин при простатите). Превышают норму некоторые другие бактерии, среди которых заслуживают внимания два вида клостридий.

3. Ложный кандидоз, подмена агента при молочнице. Похожую клинику дает Clostridiumperfringens при отсутствии Candida albicans. Превышают норму маркеры анаэробных бактерий C. perfringens и Propionibacterium spp. Завышено содержание маркера Staphylococcus epidermidis.
4. Энтеробактерии. Эндотоксинемия. Ведущими микроорганизмами являются грамотрица- тельные микроорганизмы, преимущественно сем. Enterobacteriaceae, которые создают высокие концентрации эндотоксина в локусе и в крови.
5. Микоз, без участия кандиды. Существенно превышают норму маркеры микроскопических грибов, продуцирующих кампестерол и ситостерол, а также Staphylococcusaureus и Clostridium propionicum и Clostridium perfringens. Ниже нормы количество многих бактерий, в том числе Lactobacillus и Bifidobacterium (дисбактериоз).
6. Ведущая микрофлора представлена бактериями Clostridiumperfringens и микроскопическими грибами Candida albicans при наличии Streptococcus (Streptococcus oralis) и грамотрицательных микроорганизмов родов Klebsiella, а также анаэробов Eubacterium.

У женщин с проблемами беременности или неудачами ЭКО методом МСММ выявляется существенное превышение нормы «скрытыми» (от рутинных методов) компонентами нормальной

3. микробиоты: Clostridiumperfringens, Helicobacter pylory, Streptomyces, Eubacterium. При наличии такого рода токсигеннных микроорганизмов в детородном органе как по отдельности, а тем более при одновременном присутствии, вряд ли будет возможным развитие оплодотворенной яйцеклетки в полноценный плод и нормальное протекание беременности [6].

Полученные данные подтверждают современное представление об инфекциях урогетитального тракта как о полимикробном воспалении. Более того, данные показывают, что ни один из контролируемых таксонов микроорганизмов не сохраняет свою концентрацию в пределах нормы при воспалениях. Здесь понятие таксон может иметь ранг семейства или рода как правило. На самом деле видовое разнообразие микробис ценоза урогетитального тракта в несколько раз шире, в сравнении с результатами рутинных клинических обследований. Следует отметить, что оно напоминает кишечную микробиоту своим качественным составом, в том числе анаэробами.
Подобно микробиоте кишечника микробное сообщество слизистых половых органов женщин гомеостатично и играет положительную роль в обменных процессах и защите от внешних патогенов. В то же время оно проявляет и враждебные по отношению к хозяину функции, если состав микробиоты нарушен и токсинообразование, характерное для большинства представителей нормальной микробиоты, становится клинически значимым и может угрожать здоровью женщины. Более того, оно может угрожать и главной физиологической функции женских половых органов — репродуктивной [6].
По данным из научной литературы, воспалительные процессы внутренних половых органов составляют 62,5 % в структуре гинекологической заболеваемости, причем, у 9,5% женщин диагностируют гнойные воспалительные заболевания маточных труб и яичников.
Отмечается, что инфекционные заболевания редко вызываются одним возбудителем. Смешанные инфекции составляют примерно 20-30 % в структуре инфекционных заболеваний матки и придатков, т.е. почти у каждой третьей пациентки выявляется инфекционный процесс, вызванный несколькими возбудителями. Подавляющее большинство воспалительных заболеваний органов малого таза обусловлено собственной условно-патогенной микробиотой, ведущая роль в развитии которых принадлежит наиболее вирулентным анаэробам, энтеробактериям и коккам. Исследованы 21 инфицированный биоптат от 10 пациенток перенесших операции по разным поводам [8]. Из 54 таксонов микроорганизмов, контролируемых в процессе анализа, 32 показывают избыточный рост (инфекцию). Инфицирование каждого исследованного материала включает несколько (до двенадцати) таксонов микроорганизмов. Это подтверждает тезис о смешанном характере инфекции половых органов женщин. Полученные данные подтверждают также сформировавшееся представление о доминировании анаэробов. Их доля составляет 70-90 % по нашим измерениям и соответствует оценке других авторов. Оказалось, что доминантами у 11 больных из 12 обследованных являются кишечные бактерии вида Propionibacterium freudenreichii, родов Eubacterium, Clostridium и Bifidobacterium. Такой тип инфекции показан на рис. 4, где доминируют маркеры кишечных микроорганизмов: клостридий группы C. ramosum, основной группы эубактерий (E. moniliforme, E.nodatum, E.sabureum), пропионобактерий (Propionibacterium freudenreichii). Клинически значимый уровень превышают маркеры Prevotella, Nocardia, Enterococcus.
Выявляемые в клинических лабораториях при рутинных анализах микроорганизмы в рейтинговом положении оказываются во втором ранге смешанной инфекции верхних половых органов. Максимального уровня в этой группе достигает Enterococcus — 10⁸ клеток/мл. Тогда как перечисленные выше доминирующие анаэробы занимают порядки 10⁸-10¹¹. Грамотрицательные микроорганизмы Moraxella/Acinetobacter, P. aeruginosa, Haemophylus/Burkholderia, Prevotella, B. fragilis, H. pylori обнаруживаются в исследованных пробах в количестве 10⁵-10⁷ клеток/мл. Представители сем. Enterobacteriaceae присутствуют, но не выходят за пределы уровня колонизации вагины в норме.
Результаты этого анализа перспективны для выявления и консервативного лечения подобного рода заболеваний на ранних стадиях, а также уточнения механизма возникновения патологических изменений матки и придатков, приводящих к необходимости оперативного вмешательства.
При инфекционном простатите в разных исследованиях выявлены представители семейства Enterobacteriaceae, бактерии рода Pseudomonas, энтерококки (Enterococcus faecalis, E.faecium и другие), Staphylococcus aureus, Chlamydia trachomatis, Corynebacterium, Staphylococcus, Peptostreptococcus, Streptococcus, and Escherichia, Flavobacterium spp., Pseudomonas testosteroni. Исследование ДНК секрета и биоптатов простаты свидетельствует о наличии в них микроорганизмов, отличающихся от микробиоты кожи и прямой кишки, и, следовательно, не обнаруживаемых традиционными методами. Действительно, генетическим методом удалось определить в семени наличие 15 видов необычных анаэробов родов Peptostreptococcus, Prevotella, Corynebacterium, Rubrivirax, Actinobacillus, Veilonella и Eubacterium, а также трех аэробов: Streptococcus salivarius, S.pneumoniae и Burkholderia picketii [25, 26]. В секрете простаты обнаружено большое количество недектируемых в обычной клинической практике коринеформных бактерий, причем в сложном сообществе с Staphylococcus, Peptostreptococcus, Streptococcus и Escherichia, состав которого различен у разных пациентов. Кроме того, обнаружены микробные ассоциации и у здоровых мужчин, однако иные, чем у больных и в меньшей концентрации.
Заключение
Приведенные примеры в целом показывают, что диагностика возбудителей инфекционных процессов по данным масс-спектрометрии биологических жидкостей является экспресным, чувствительным и универсальным методом индикации, одинаково эффективным как для аэробных, так и для анаэробных микроорганизмов. При этом следует отметить, что инфекции в подавляющем большинстве случаев полимикробны, в них доминируют анаэробы, в воспалениях существенную роль в провоспалительных и противовоспалительных актах играет собственная автохтонная микробиота организма человека.
Метод МСММ может быть использован для определения любого микроба, имеющего в составе структурных клеточных компонетов вещество-маркер, отличное от химических веществ фоновой биологической жидкости. Наши наблюдения и литературные данные свидетельствуют о достаточном количестве клеточных компонентов, специфичных сугубо для возбудителя, по которым его можно идентифицировать, используя индивидуальные или коллективные маркеры [26].
Чувствительность метода составляет 10⁴—10⁵ клеток в пробе в зависимости от содержания маркера в клетке. В настоящее время для проведения анализа требуется не более 3 ч на 1 образец, или 7 часов на 5 проб. Экспрессность и универсальность анализа при возможности точного определения численности микроорганизмов позволили за короткий срок пополнить сведения о микробной этиологии многих заболеваний сердечно-сосудистой системы [24], органов дыхания и пищеварительной системы, кожи [10, 11], урогенитального тракта, послеоперационных и травматических инфекций. Полученные для каждого больного данные по составу микроорганизмов, участников инфекционного процесса при оценке общего микроэкологического статуса, позволяют врачу получить качественно новую обширную информацию для принятия адекватной антимикробной и общей терапии.
 
Литература

1. Белобородова Н.В., Осипов Г.А. Гомеостаз малых молекул микробного происхождения и его роль во взаимоотношениях микроорганизмов с хозяином // Вестник РАМН. – 1999. – T. 16. – № 7. – C. 25–31.
2. Заварзин Г.А. Лекции по природоведческой микробиологии. – М.: Наука, 2003. – 348 с. 3. Клиническое значение исследования микроорганизмов слизистой оболочки кишечника культурально-биохимическим и хромато-масс-спектрометрическим методами. / Г.А. Осипов, А.И. Парфенов, Н.В. Верховцева [и др.] // Эксп. Клин. Гастроэнтерология. – 2003. – Т.
3. – С. 59–67. 4. Крымцева Т.А. Физиологическая роль изменения жирнокислотного состава урогенитальных жидкостей организма человека при дисбиозах: автореф. дис. канд. биол. наук. – Москва. 2003. – 35 с.
4. Микроэкологический статус кандидатов на пересадку печени / О.И. Андрейцева, В.В. Киселев, Н.Б. Бойко [и др.]. // Трансплантология. – 2010. – № 1. – С. 37–46.
5. Минорные жирные кислоты биологических жидкостей урогенитальных органов и их значимость в диагностике воспалительных процессов. / Т.А. Крымцева, Г.А. Осипов, Н.Б. Бойко [и др.]. // Журн. микроб. эпидем. иммун.– 2003. – № 2. – С. 92–101.
6. Николаев Ю.Н., Плакунов В.К. Биопленка – «город микробов» или аналог многоклеточного организма? // Микробиология. 2007. – Т. 76. – № 2. – С. 149–163.
7. Осипов Г.А, Федосова Н.Ф., Лядов К.В. Количественный insitu микробиологический анализ по липидным маркерам в биологических жидкостях с использованием метода газовой хроматографии – масс спектрометрии. // Здравоохранение и медицинские технологии. – 2007. – № 5. – С. 20–23.
8. Осипов Г.А. Хромато-масс-спектрометрический анализ микроорганизмов и их сообществ в клинических пробах при инфекциях и дисбиозах. / Химический анализ в медицинской диагностике. – М.: Наука, 2010. – С. 293–368.
9. Спектрометрическое исследование состава микроорганизмов кишечника у больных себорейным дерматитом. / И.В. Полеско, Ю.С. Бутов, Г.А. Осипов, В.В. Малиновская. // Рос. журн. кож. и вен. бол. – 2006. – № 3. – С. 23–27.
10. Состав кожного сала, микроэкология кожи и кишечника у больных себорейным дерматитом и акне (исследование методом газовой хроматографии масс-спектрометрии). / И.В. Полеско, Ю.С. Бутов, Г.А. Осипов [и др.]. //Рос. журн. кож. и вен. бол. – 2007. – № 2. – С. 43–50.
11. Федосова Н.Ф., Лядов К.В., Осипов Г.А. Новые подходы к анализу инфекционных послеоперационных и посттравматических осложнений. / Инфекции в хирургии. – 2010. – Т. 8. – № 2. – С. 56–62.
12. Шендеров Б.А. Медицинская микробная экология и функциональное питание. В 3-х томах. / Микрофлора человека и животных и ее функции. – М.: Грант, 1998. – Т. 1. – С. 14–17.
13. Abnormal fecal microflora and malabsorption phenomena in atopic eczema patients. / G. Ionescu, R. Kiehl, L. Ona, R. Schuler. // J Adv Med. – 1990. – Vol. 3. – P. 71–89.
14. Beloborodova N.V., Osipov G.A. // Small molecules originating from microbes (SMOM) and their role in microbes-host relationship.// Microbial Ecology in Health and Disease. – 2000. — Vol. 12. – P. 12–21.
15. Davey M.E. and O’Tоol G.A. Microbial Biofilms: fromEcology to Molecular Genetics. // Microbiology and Molecular Biology Reviews. – 2000. – Vol. 64, N 4. – P. 847–867.
16. Donlan R.M.and J. William Costerton. Biofilms: Survival Mechanisms of Clinically Relevant Microorganisms. // Clinical Microbiology Reviews. – 2002. – Vol. 15, N 2. – P. 167–193.
17. Evaluation of a commercial microbial identification system based on fatty acid profiles for rapid, accurate identification of plant pathogenic bacteria. / D.E. Stead, J.E. Sellwood, J. Wilson, J.J. Viney. // Appl. Bacteriol. – 1992. – Vol. 72. – P. 315–321.
18. Guideline for prevention of surgical site infection. / A. J. Mangram, T. C. Horan, M. L. Pearson [et al.] // Jarvis. Am. J. Infect. Control. – 1999. – Vol. 27. – P. 97–134.
19. Macfarlane, S., Hopkins M.J., Macfarlane G.T. Bacterial grows and metabolism on surfaces in the large intestine. // Microbial Ecology in Health and Disease. – 2006. – Vol. 2. – P. 64–72.
20. Nicholson J.K. Global systems biology, personalized medicine and molecular epidemiology. // Mol Syst Biol. – 2006. – Vol. 2. – P. 52.
21. Nicholson J.K., Holmes E., Wilson I.D. Gut microorganisms, mammalian metabolism and personalized health care. // Nat Rev Microbiol. – 2005. – Vol. 3. – P. 431–438.
22. Nicholson J.K., Wilson I.D. Understanding global systems biology: Metabonomics and the continuum of metabolism. // Nat Rev Drug Discov. – 2003. – Vol. 2. – P. 668–676.
23. Osipov G.A., Turova E.S. Studying species composition of microbial communities with the use of gas chromatography-mass spectrometry. Microbial community of kaolin. // FEMS Microbiol.Rev. – 1997. – Vol. 20. – P. 437–446.
24. Prokariotic DNA sequences in patients with chronic idiopathic prostatitis. / J.N. Krieger, D.E. Riley, M.C. Roberts, R.E. Berger. // J.Clin. Microbiol. – 1996. – Vol. 34, N 12. – P. 3120–3128.
25. Polymerase chain reaction-based detection of bacteria in semen. / K. Jarvi, J.-M. Lacroux, A. Jain, I. Dumitru [et al.]. // Fertil.Steril. – 1996. – Vol. 66, N 3. – P. 463–467.
26. The gut microbiota as a target for improved surgical outcome and improved patient care. / J. Kinross, A.C. von Roon, N. Penney [et al.]. // Curr Pharm Des. – 2009. – Vol. 15, N 13 – P. 1537–1545.

 
© Г.А. Осипов, Г.Г. Родионов
Академическая группа академика Ю.Ф. Исакова при НЦ ССХ им А.Н. Бакулева РАМН, г. Москва;
Всероссийский центр экстренной и радиационной медицины, им. А.М. Никифорова МЧС России, г. Санкт-Петербург. Спецвыпуск ЛАБОРАТОРИЯ № 2,2013